Für die Zahlung der Stempelsteuer auf elektronischen Rechnungen bietet die Steuerbehörde zwei Methoden an: Abbuchung vom Bankkonto oder vorausgefülltes Formular F24. Für jedes Quartal wird auf der Website der Agentur die nicht abänderbare Liste A und die abänderbare Liste B mit den stempelsteuerpflichtigen Rechnungen veröffentlicht. Für Zahlungen von weniger als 5.000,00 € gibt es Vereinfachungen. Es steht ein neuer Civis-Dienst zur Verfügung, um versäumte oder fehlerhafte Zahlungen nachzuholen oder zu korrigieren.